Несмотря на развитие технологий очистки воды различными способами, ее хлорирование по-прежнему остается самым дешевым и простым методом обеззараживания. Уже почти 150 лет прошло с момента первого применения хлора в период эпидемии чумы в Лондоне в 1870 году, а хлорирование продолжает применяться даже несмотря на то, что образовавшиеся после использования хлора хлорорганические соединения негативно влияют на человеческий организм. Даже многие развитие мировые державы до сих пор не отказались от хлорирования в тех случаях, когда необходимо обеззараживание предельно больших объемов питьевой воды.
По данным на 2010 год, большинство городских станций очистки воды в России, которые работают по двухступенчатой системе очистки, базирующейся на осветлении и коагуляции воды в отстойниках, с последующим ее фильтрованием через кварцевый песок, используют для обеззараживания хлор и аммиаксодержащий реагент. Массовое использование хлора обусловлено его сильнейшим бактерицидным свойством, которое сохраняется в воде длительный срок. Помимо этого, хлор является очень дешевым веществом, применение даже больших объемов которого не сопряжено с серьезными финансовыми затратами для коммунальных водоочистных станций. Для локальных же систем очистки питьевой воды, хлор даже в России практически не используется.
Полярно противоположные мнения о целесообразности использования хлора для обеззараживания воды сложились потому, что помимо удаления из нее многих биологических загрязнений, с некоторыми из них хлор вступает в реакцию, образуя хлорорганические соединения — хлороформ, дибромхлорметан, бромоформ, дихлорбромметан, четыреххлористый углерод, дихлорэтан, трихлорэтилен, хлорфенол. Они являются сильнейшими мутагенами, вызывающими изменения в организме человека на генетическом уровне. Поэтому, как показали данные ряда исследований, употребление обработанной хлором питьевой воды увеличивает риск раковых заболеваний.
Приверженцы обеззараживания воды хлором говорят, и это тоже установлено лабораторным путем, что современные методы хлорирования позволяют предотвратить образование хлорорганических соединений или удалить их еще на первоначальном этапе обработки воды. Наиболее действенным из таких способов является фильтрование воды после хлорирования активным углем — сорбция. Однако, данная технология является достаточно дорогостоящей, а ее применение в промышленных масштабах доставляет немалые трудности — время защитного действия наполнителя не превышает 6 месяцев, а сорбционная емкость с активным углем по отношению к хлорорганическим соединениям небольшая, поэтому неспособна пропускать большие объемы воды.